Noticia nº53.729

/noticias.info/ La Universitat Autònoma de Barcelona ha puesto en marcha un proyecto ambicioso en biología: crear la primera gran base de datos en que los investigadores de todo el mundo puedan buscar pequeñas variaciones entre los genes de diferentes individuos y especies animales. El proyecto, que lidera el investigador Antonio Barbadilla del Departamento de Genética y de Microbiología de la UAB en colaboración con el investigador Miquel Àngel Senar, del Departamento de Arquitectura de Ordenadores y Sistemas Operativos, ya cuenta con la tecnología necesaria y ha dado un primer paso de prueba, la creación de la base de datos que recoge la diversidad genética del género Drosophila (la mosca de la fruta), el más estudiado por los genetistas. En esta primera fase, el proyecto ya se ha convertido en uno de los recursos de referencia de la comunidad científica internacional y será referenciada en la base de datos internacional FlyBase sobre el genoma de este género.


Con la ampliación a otros géneros animales se acelerará y se facilitará el análisis de la diversidad genética que se lleva a cabo en laboratorios de todo el mundo. Lo que pueden buscar los científicos en esta base de datos son las pequeñas variaciones que existen entre diferentes indivíduos de una especie y también entre diferentes especies, en los elementos de la molécula de ADN que configuran la información genética: los nucleótidos. Dos indivíduos diferentes pueden tener el mismo gen en su genoma, pero con un sólo nucleótido cambiado. Estas pequeñas diferencias, que se mantienen de generación en generación, son una herramienta de gran utilidad para la investigación sobre la evolución. Del mismo modo, las pequeñas variaciones genéticas pueden estar relacionadas con la aparición de enfermedades de orígen genético, por lo que son de gran importancia en la investigación biomédica y en el desarrollo de fármacos.

El proyecto está basado en el servidor web PDA (Pipeline Diversity Analysis), una herramienta informática presentada hace un año por los mismos investigadores, que permite analizar a gran escala la diversidad genética a partir de datos archivados en las grandes bases de datos públicas de genómica, como el GenBank. Consiste en un conjunto de programas que, de una manera automática, buscan las secuencias que hay en las grandes bases de datos públicas de ADN, las agrupan y miden la diversidad genética en diferentes regiones del genoma.

A diferencia de otros proyectos, como el catálogo de diversidad genética humana HapMap presentado hace unos días por una colaboración científica internacional, la nueva base de datos de diversidad genética de la UAB se nutre de los datos que de manera contínua los científicos de todo el mundo incorporan a las bases de datos públicas, y abarcará cualquier especie animal.

"Hemos elaborado nuevas herramientas bioinformáticas que probablemente se convertirán en los estándares para guardar, medir y presentar la información genética almacenada en las bases de datos" asegura Antonio Barbadilla. "La nueva base de datos contiene información de secuencias polimórficas de más de 118 especies de Drosophila y de 600 genes diferentes, de forma que podemos obtener una primera descripción de los patrones de variación nucleotídica a gran escala. El secreto de esta base de datos ha sido la apuesta por la automatización de todo el proceso, lo que parecía destinado al fracaso por su complejidad. Pronto tendremos la base de datos de mamíferos que permitirá hacer análisis de variabilidad comparativa en esta clase".

La nueva base de datos sobre la diversidad genética está disponible para su uso por la comunidad científica en la dirección de Internet http://dpdb.uab.es/dpdb